对于您提到的违章加层被拆除后，第二次重建的问题，需要明确其合法性前提和具体操作要求。第二次重建是否被允许及如何操作，取决于是否符合法定条件和程序。

如果或若存在未取得任何规划许可手续直接进行第二次重建的情况，那么该重建行为仍属于违章建筑，面临再次被拆除的风险，且无法获得合法产权。

如果或若存在已向当地城乡规划主管部门申请重建许可并获得批准的情况，那么第二次重建是合法的，应严格按照许可内容进行建设，包括建设位置、规模、高度等。
针对您关注的违章加层被拆除后第二次重建的问题，其法律依据主要来自《中华人民共和国城乡规划法》。该法第六十四条明确规定：“未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。”

结合您的情况，违章加层已被拆除，说明其属于“无法采取改正措施消除影响”的情形。若要进行第二次重建，必须先取得建设工程规划许可证，否则将再次违反上述法律规定，面临与第一次相同的法律后果，即被责令停止建设、限期拆除或罚款等。因此，第二次重建的合法性核心在于是否依法取得了规划许可，这是适用该法律条文的关键结论。

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